Ya hemos visto lo delicado que es el registro, por lo que su manipulación sin saber exactamente lo que estamos haciendo es muy peligrosa. Por ello, siempre es mejor utilizar las herramientas propias del sistema operativo antes que utilizar herramientas de terceros.

En Win98, de hecho, hay una herramienta que permite revertir los cambios hechos en el registro a un estado anterior. Esta herramienta trabaja con copias espejo de como está el registro en un momento determinado, revirtiendo su estado completamente. Está herramienta evolucionó, y ahora se llama restaurar sistema; es más seguro, por tanto, revertir todo el registro completo a un estado anterior, que limpiar claves parcialmente. ¿Por qué?
Porque las claves en el registro guardan relaciones con otras claves, y todas estas claves guardan relaciones, a su vez, con la estructura de los programas, con las que están relacionadas. Cualquier programador es libre de establecer estas relaciones con el registro, ya que la escritura en el mismo es libre. Un programa "limpiador" nunca podrá saber a ciencia cierta cuál es la estructura de estas relaciones, puesto que esto sólo lo puede saber fehacientemente el programador, es decir, que sólo él puede saber qué efecto tiene una clave sobre el funcionamiento general de su programa y del sistema operativo. Puesto que puede que un programa haga uso de las API's de Windows siendo, por tanto posible que este tipo de programas estimen que una clave esta parcialmente dañada y borre todas las relacionadas, habiendo la posibilidad de que borre claves que sean vitales para el normal funcionamiento del sistema operativo, y de que sea peor el remedio que la enfermedad.
Por ello, nunca aconsejamos el uso de herramientas limpiadoras de Registro. Es siempre mejor restaurarlo completo a un estado anterior que limpiarlo parcialmente.