Carpeta historial Vacia

La carpeta del historial puede estar vacia por muchos motivos, pero uno de ellos, es la modificación de una clave del registro, la rama responsable es:

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\InternetSettings\Url History

en ella debería aparecerte el directorio o carpeta donde el IE guarda tu historial, revisa que el directorio no está en blanco, por defecto viene este: c:\windows\historial. Aunque, variando esta clave, puedes poner el directorio que quieras.